日本語AIでPubMedを検索
商業的に利用されている4種のテレポストの肝臓トランスクリプトーム資源
Liver transcriptome resources of four commercially exploited teleost species.
PMID: 32636445 PMCID: PMC7340784. DOI: 10.1038/s41597-020-0565-9.
抄録
オミック資源の生成は、経済的価値のある種の適切な管理戦略を開発するための中心的な役割を果たしている。ここでは、商業的価値の高い4種の野生型テレポストの肝臓組織（8,020万から8,840万のペアエンドリードを含む）のハイカバレッジRNA-seqデータセットを提供する。Trachurus trachurus (TTR; Atlantic horse mackerel)、Scomber scombrus (SSC; Atlantic mackerel)、Trisopterus luscus (TLU; pout)、および Micromesistius poutassou (MPO; blue whiting)の4種の商業的価値の高い野生型テレポスト種の肝臓組織（8,020万～8,800万ペアエンドリードを含む）。de novoのシングルおよびマルチKmerアセンブリーアプローチを用いた包括的なアセンブリーパイプラインにより、64のシングル高品質肝トランスクリプトーム（種ごとに16個）が作成された。その結果、N50値が2,543-3,700bp、BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs）値が81.8-86.5%で、Actinopterygii遺伝子セットの完全性が確認され、オープンリーディングフレーム（ORF）予測と機能的アノテーションが行われた。本研究は、これらの種のトランスクリプトーム資源を初めて提供するものであり、個体群間の中立的な遺伝的変異と選択的な遺伝的変異の両方を評価するための貴重なツールを提供し、漁業における地球規模の変化の影響を調査するのに役立つ環境適応の候補遺伝子を特定することができる。
The generation of omic resources is central to develop adequate management strategies for species with economic value. Here, we provide high-coverage RNA-seq datasets of liver tissue (containing between 80,2 and 88,4 million of paired-end reads) from four wildtype teleost species with high commercial value: Trachurus trachurus (TTR; Atlantic horse mackerel), Scomber scombrus (SSC; Atlantic mackerel), Trisopterus luscus (TLU; pout), and Micromesistius poutassou (MPO; blue whiting). A comprehensive assembly pipeline, using de novo single and multi-kmer assembly approaches, produced 64 single high-quality liver transcriptomes - 16 per species. The final assemblies, with N50 values ranging from 2,543-3,700 bp and BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) completeness values between 81.8-86.5% of the Actinopterygii gene set, were subjected to open reading frame (ORF) prediction and functional annotation. Our study provides the first transcriptomic resources for these species and offers valuable tools to evaluate both neutral and selected genetic variation among populations, and to identify candidate genes for environmental adaptation assisting in the investigation of the effects of global changes in fisheries.