マレーシア、ボルネオ島のケダヤン集団における21の常染色体および2つの性決定性短タンデムリピート遺伝子座のデータセット

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Data Brief.2020 Aug;31:105909. S2352-3409(20)30803-9. doi: 10.1016/j.dib.2020.105909.Epub 2020-06-21.

マレーシア、ボルネオ島のケダヤン集団における21の常染色体および2つの性決定性短タンデムリピート遺伝子座のデータセット

Dataset on 21 autosomal and two sex determining short tandem repeat loci in the Kedayan population in Borneo, Malaysia.

Hashom Mohd Hakim
Hussein Omar Khan
Siti Afifah Ismail
Japareng Lalung
Abban Edward Kofi
Mohd Tajuddin Abdullah
Geoffrey Keith Chambers
Hisham Atan Edinur

PMID: 32642519 PMCID: PMC7334294. DOI: 10.1016/j.dib.2020.105909.

抄録

このデータ論文は、無関係のケダヤン人の21の常染色体と2つの性決定短タンデムリピート（STR）遺伝子座の集団頻度を提供している。この論文は、「Forensic parameters and ancestral fraction in the Kedayan population inferred using 21 autosomal STR loci」と題する研究論文[1]に関連したもので、同じデータを祖先学的・法医学的分析の対象としたものです。ボルネオ島の各地に住むケダヤン人の男性代表128人と女性代表72人からなる200の血液サンプルを収集した。23のSTR遺伝子座すべてをGlobalfiler™ Express PCRを用いて同時に増幅し、ABI 3500xl Genetic Analyzerを用いてアンプリコンを分離した。各遺伝子座のSTR対立遺伝子コールはGeneMapper ID-X Software v1.4を用いてコールし、Arlequin software version 3.5のいくつかのアルゴリズムを用いて、STR遺伝子座のペア間のHardy-Weinberg equilibrium (HWE)とlinkage disequilibrium (LD)を推定した。

This data article provides population frequencies for 21 autosomal and two sex determining short tandem repeat (STR) loci in unrelated Kedayan individuals. This article is related to the research paper entitled "Forensic parameters and ancestral fraction in the Kedayan population inferred using 21 autosomal STR loci" [1] where these same data were subjected to ancestry and forensic analyses. We have collected 200 blood samples consisting of 128 male and 72 female volunteer representatives from Kedayan people residing in various parts of Borneo. All 23 STR loci were simultaneously amplified using Globalfiler™ Express PCR and amplicons were separated using an ABI 3500xl Genetic Analyzer. The STR allele calls at each locus were called using GeneMapper ID-X Software v1.4, while several algorithms in Arlequin software version 3.5 were used to estimate Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) and linkage disequilibrium (LD) between pairs of STR loci.