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中国人血液ドナーにおける C 型肝炎ウイルスの遺伝子型/サブタイプの分布と進化。最近のウイルスの拡大を明らかにする
Hepatitis C virus genotype/subtype distribution and evolution among Chinese blood donors: Revealing recent viral expansion.
PMID: 32649673 DOI: 10.1371/journal.pone.0235612.
抄録
中国におけるC型肝炎ウイルス（HCV）遺伝子型（GT）の分布は、地理的および人口統計学的に有意な差を示している。中国の血液バンクシステムで日常的に検査されているウイルスとして、献血者を対象とした稀な分子疫学研究が報告されている。我々の目的は、中国の献血者における HCV GT/サブタイプの分布、系統解析、および集団遺伝学を調査することである。抗HCVスクリーン陽性サンプルとドナーの人口統計を収集した。HCV CoreおよびE1遺伝子断片をRT-PCRで増幅し、その後、MEGA 7.0を用いてHCV GTs/サブタイプを決定するために、配列決定および系統解析を行った。集団遺伝学は、Arlequin v3.0およびBeast v1.10.4を用いて行った。HCV GTs/サブタイプの分布と人口統計学的特徴との間の相関を分析するために、SPSS Statistics 17.0 ソフトウェアを使用した。Core遺伝子に基づく419検体とE1遺伝子に基づく293検体がそれぞれ増幅に成功した。HCV la、lb、2a、3a、3b、6a、6eおよび6nが検出され、対応する割合は0.66％（3/455）、58.68％（267/455）、17.80％（81/455）および5.05％（23/455）、3.52％（16/455）、12.31％（56/455）、0.88％（4/455）および0.66％（3/455）であった。広西チワン族自治区のサンプルでは、8つのサブタイプが検出され、最も豊富な遺伝的多様性を示した。HCV-1bのハプロタイプ数は2a、6aよりも多い。HCV-1b、2aおよび6aの田島のDおよびFuのFsが陰性であったことから、これらのHCVサブタイプの集団拡大が示唆された。HCV GTの分布は、年齢および民族別に有意な統計的差異を示した。結論。中国人血液ドナーでは、HCVの遺伝的多様性が豊富であり、主に1b、2aのサブタイプを有していた。中国人献血者の間では、HCV GTs/サブタイプに地理的および人口統計学的に有意な差が認められた。HCV 1b サブタイプは生存率が強く，HCV 6a サブタイプは有意に拡大していた．
Hepatitis C virus (HCV) genotype (GT) distribution in China shows significant geographical and demographic difference. As a routinely tested virus in Chinese blood bank systems, rare molecular epidemiology research in blood donors is reported. Our purpose is to investigate the HCV GT/subtypes distribution, phylogenetic analysis and population genetics in Chinese blood donors. Anti-HCV screen positive samples and donor demographics were collected. HCV Core and E1 gene fragments were amplified by RT-PCR, followed by sequencing and phylogenetic analysis to determine HCV GTs/subtypes using MEGA 7.0. The population genetics were performed using Arlequin v3.0 and Beast v1.10.4. SPSS Statistics 17.0 software was used to analyze the correlation between HCV GTs/subtypes distribution and demographic characteristics. 419 and 293 samples based on Core and E1 gene respectively were successfully amplified. HCV la, lb, 2a, 3a, 3b, 6a, 6e and 6n were found, and the corresponding proportions were 0.66% (3/455), 58.68% (267/455), 17.80% (81/455) and 5.05% (23/455), 3.52% (16/455), 12.31% (56/455), 0.88% (4/455) and 0.66% (3/455). Samples from Guangxi showed the most abundant genetic diversity with 8 subtypes were found. The number of haplotypes in HCV-1b is higher than 2a and 6a. The negative Tajima's D and Fu's Fs values of HCV-1b, 2a and 6a suggested the population expansion of those HCV subtypes. The distribution of HCV GT showed significant statistical difference by age and ethnicity. Conclusion: An abundance of HCV genetic diversity was found in Chinese blood donors with mainly 1b and then 2a subtype. There were significant geographical and demographic differences in HCV GTs/subtypes among Chinese blood donors. HCV subtype 1b has stronger viability and HCV subtype 6a has experienced significant expansion.