発酵飲料におけるファージコミュニティの関与：技術的進歩への扉を開くか？

Phage community involvement in fermented beverages: an open door to technological advances?

• Pierre Ledormand
• Nathalie Desmasures
• Marion Dalmasso

抄録

バクテリオファージ（ファージ）は地球上で最も豊富な生物学的存在であると考えられています。ファージ群集を理解することへの関心は、特に次世代シークエンシング技術の開発と利用の容易さのおかげで、過去10年の間に高まってきています。様々な生息地の微生物群集に関する利用可能なメタゲノムデータが増加しているにもかかわらず、特にワインやサイダーのような発酵食品や飲料に関しては、ビロムは科学的な文献ではまだ十分に記述されていないのが現状である。本レビューでは、ファージ群集に関する現在の知見に特に注目し、特に発酵食品のビロムとその研究に利用可能な方法論的ツールに焦点を当てている。発酵食品や飲料のビロムに関する利用可能なデータが著しく不足している。私たちの知る限りでは、ワインからいくつかのファージが分離されているが、発酵飲料中のビロムの多様性や、発酵プロセス全体を通して微生物との相互作用の可能性を評価するための一般的な研究は現在までに行われていない。現在使用されているビロムの分析を行うための技術との関連性を確立することを目的として、現在の知見を発酵飲料に応用することの可能性を検討する。

Bacteriophages (phages) are considered the most abundant biological entities on Earth. An increasing interest in understanding phage communities, also called viromes or phageomes, has arisen over the past decade especially thanks to the development and the accessibility of Next Generation Sequencing techniques. Despite the increasing amount of available metagenomic data on microbial communities in various habitats, viromes remain poorly described in the scientific literature particularly when it comes to fermented food and beverages such as wine and cider. In this review, a particular attention is paid to the current knowledge on phage communities, with a special focus on fermented food viromes and the methodological tools available to undertake their study. There is a striking lack of available data on the fermented foods and beverages viromes. As far as we know, and although a number of phages have been isolated from wine, no general study has to date been carried out to assess the diversity of viromes in fermented beverages and their possible interactions with microbiota throughout the fermentation process. With the aim of establishing connections between the currently used technologies to carry out the analysis of viromes, possible applications of current knowledge to fermented beverages are examined.