日本語AIでPubMedを検索
乳用ヤギのCorynebacterium pseudotuberculosis感染脾臓のトランスクリプトーム解析
Transcriptome analysis of Corynebacterium pseudotuberculosis-infected spleen of dairy goats.
PMID: 32653437 DOI: 10.1016/j.micpath.2020.104370.
抄録
膿性リンパ節炎は、Corynebacterium pseudotuberculosis（C.pseudotuberculosis）によるヤギの慢性疾患であり、乳用ヤギ産業に多大な被害をもたらしている。本研究では、C.pseudotuberculosis感染ヤギの病態や宿主免疫応答の詳細な情報を得るために、C.pseudotuberculosis感染後の脾臓組織の遺伝子発現の違いをハイスループットシーケンシングにより解析した。その結果、412700462のクリーンリードで得られた転写産物から21343の遺伝子が検出され、そのうち14720の既知遺伝子と7623の新規遺伝子が予測された。アップレギュレーションされた遺伝子は448個、ダウンレギュレーションされた遺伝子は519個であった。遺伝子オントロジー（GO）解析により、すべてのDEGが生物学的プロセス、細胞成分、分子機能にアノテーションされていることが示された。これらのユニ遺伝子のほとんどは、細胞過程、細胞、結合にアノテーションされていた。DEGsのKEGG解析では、6つの主要なカテゴリーに分類された459の経路に合計8733個のDEGs unigeneがアノテーションされていることが示された。これらのアノテーションされたunigenesの多くは、感染症経路に対する免疫系応答に関連していた。さらに、14個のDEGを定量的リアルタイムPCRにより検証した。本研究は、乳用ヤギとC.pseudotuberculosis感染症を対象とした初のin vivo RNAseq解析として、C.pseudotuberculosis感染症ヤギの脾臓のトランスクリプトミクスに関する知見を提供するものであり、C.pseudotuberculosis感染症には複雑な分子経路と免疫応答機構が関与していることが明らかになった。
Caseous lymphadenitis is a chronic disease of goats caused by Corynebacterium pseudotuberculosis (C.pseudotuberculosis) which causes great harm to the dairy goats industry. In order to obtain detailed information about the pathogenesis and host immune response in C.pseudotuberculosis-infected goats, in this study, the gene expression difference of spleen tissue after infection with C.pseudotuberculosis was analyzed by high-throughput sequencing. Transcripts obtained over 412 700 462 clean reads after reassembly were 21 343 genes detected, of which 14 720 were known genes and 7623 new genes were predicted. There were 448 up-regulated and 519 down-regulated differentially expressed genes (DEGs). Gene Ontology (GO) analysis indicated that all of the DEGs were annotated into biological process, cellular component and molecular function. Most of these unigenes are annotated in cellular processes, the cell and binding. KEGG analysis of the DEGs showed that a total of 8733 DEGs unigenes were annotated into 459 pathways classified into 6 main categories. Most of these annotated unigenes were related to immune system response to the infectious diseases pathways. In addition, 14 DEGs were verified by quantitative real-time PCR. As the first, in vivo, RNAseq analysis of dairy goats and C.pseudotuberculosis infection, this study provides knowledge about the transcriptomics of spleen in C.pseudotuberculosis-infected goats, from which a complex molecular pathways and immune response mechanism are involved in C.pseudotuberculosis infection.
Copyright © 2020. Published by Elsevier Ltd.