新規キシラナーゼ産生株X2：分子系統解析とキシロオリゴ糖生産への応用

Novel xylanase producing strain X2: molecular phylogenetic analysis and its application for production of xylooligosaccharides.

• Chandrabhan Dhruw
• Khadim Husain
• Vyas Kumar
• Vijay Chintaman Sonawane

抄録

細胞外エンドキシラナーゼ（GH 11）（EC：3.2.1.8）を産生する菌株X2を東北インド地方の土壌から分離した。この好気性培養物はグラム陽性で内胞子形成性であった。菌株X2では，同グループの近縁種の脂肪酸プロファイルとの相違が認められた。また，X2株では，他の近縁種ではiso-C脂質の顕著な発現は見られなかった。16S rRNA遺伝子の配列相同性は亜種と99％の類似性を示した。 6つの連結遺伝子（16S rRNA, , , , , , , , ）の塩基配列を多座配列解析（MLSA）により系統解析した結果，X2株は亜種群の中で分類学的にどのような位置にあるかが明らかになった。また，MLSAにより，X2株は亜sp.DNA-DNAハイブリダイゼーション（DDH）では，subsp.との一致率が最も高かった（87％）．ゲノムのインシリコDDH（G+C 43.7mol %）では、48.5%を共有し、subsp.MLSAの系統樹と最高度のDNAハイブリダイゼーションが得られ、亜種に属することを示した。

A strain X2 that produced extracellular endo-xylanase (GH 11) (EC: 3.2.1.8) was isolated from the soil of the Northeast India region. This aerobic culture was Gram positive and endospore forming. Chemotaxonomic characterization showed variance with the fatty acid profile of related species in the group. In strain X2, distinct occurrence of iso-C lipids is absent in other related species. The 16S rRNA gene sequence homology showed 99% similarity with subsp. The phylogenetic analysis by the multilocus sequence analysis (MLSA) of the nucleotide sequence of six concatenated genes (16S rRNA, , , , and ) resolved the taxonomic position of the strain X2 in the subsp. group. The MLSA showed that it is a member of a clade that includes subsp. . In DNA-DNA hybridization (DDH), the highest matching score was obtained with subsp. (87%). The in silico DDH of the genome (G + C 43.7 mol %) shared 48.5%, with subsp. . The MLSA phylogenetic tree and the highest degree of DNA hybridization, indicating that it belongs to the subspecies .

© King Abdulaziz City for Science and Technology 2020.