大豆根圏から分離されたPseudomonas glycinae sp

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Microbiologyopen.2020 Jul;:e1101. doi: 10.1002/mbo3.1101.Epub 2020-07-12.

大豆根圏から分離されたPseudomonas glycinae sp

Pseudomonas glycinae sp. nov. isolated from the soybean rhizosphere.

Jiayuan Jia
Xiaoqiang Wang
Peng Deng
Lin Ma
Sonya M Baird
Xiangdong Li
Shi-En Lu

PMID: 32657018 DOI: 10.1002/mbo3.1101.

抄録

ミシシッピ州の大豆根圏から好気性、グラム陰性、棒状、極鞭毛菌であるMS586株とMS82株を分離した。MS586とMS82の分類学的位置を多相的手法を用いて決定した。両菌株の16S rRNA遺伝子配列を解析したところ、Pseudomonasの一部の種と高いペアワイズ配列類似性（98％以上）が認められた。16S rRNA、rpoB、rpoD、およびgyrB遺伝子の連結配列を解析したところ、Pseudomonas koreensisサブグループ（SG）に属する株がPseudomonas kribbensis株46-2と最も高い類似性を示した。また，平均ヌクレオチド同一性（ANI），ゲノム間距離の解析から，MS586株とMS82株はシュードモナス属内の他の種と区別された。本菌の主要なキノン系はユビキノン9（Q-9）であり，DNAのG+C含量は60.48mol%であった。主要な脂肪酸は、C 、C シクロであり、それぞれC ω7c/C ω6cおよびC ω7c/C ω6cからなる和特徴3および8であった。主な極性脂質は、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルエタノールアミン、ジホスファチジルグリセロールであった。以上の結果から，MS586株およびMS82株はシュードモナス属に属する新種であることが示唆された。提案された新種名はPseudomonas glycinaeであり、型菌はMS586（accession NRRL B-65441=accession LMG 30275）である。

Strains MS586 and MS82, which are aerobic, Gram-negative, rod-shaped, and polar-flagellated bacteria, were isolated from the soybean rhizosphere in Mississippi. Taxonomic positions of MS586 and MS82 were determined using a polyphasic approach. 16S rRNA gene sequence analyses of the two strains showed high pairwise sequence similarities (>98%) to some Pseudomonas species. Analysis of the concatenated 16S rRNA, rpoB, rpoD, and gyrB gene sequences indicated that the strains belonging to the Pseudomonas koreensis subgroup (SG) shared the highest similarity with Pseudomonas kribbensis strain 46-2 . Analyses of average nucleotide identity (ANI), genome-to-genome distance, delineated MS586 and MS82 from other species within the genus Pseudomonas. The predominant quinone system of the strain was ubiquinone 9 (Q-9), and the DNA G+C content was 60.48 mol%. The major fatty acids were C , C cyclo, and the summed features 3 and 8 consisting of C ω7c/C ω6c and C ω7c/C ω6c, respectively. The major polar lipids were phosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, and diphosphatidylglycerol. Based on these data, it is proposed that strains MS586 and MS82 represent a novel species within the genus Pseudomonas. The proposed name for the new species is Pseudomonas glycinae, and the type strain is MS586 (accession NRRL B-65441 = accession LMG 30275).