低分化型胃腺癌におけるcircular RNA発現プロファイルとm6A修飾解析

Circular RNA expression profile and m6A modification analysis in poorly differentiated adenocarcinoma of the stomach.

• Chenjing Zhang
• Jingya Wang
• Xiaoge Geng
• Jiangfeng Tu
• Huiqin Gao
• Lunan Li
• Xiaolu Zhou
• Hongguang Wu
• Jiyong Jing
• Wensheng Pan
• Yiping Mou

抄録

低分化型胃腺癌(PDGA)におけるcircular RNA(circRNA)の発現パターンをプロファイリングし、その特徴を明らかにすることを目的とした。 PDGAと隣接する非腫瘍組織におけるcircRNA発現プロファイルをマイクロアレイで解析した。無作為に選択された5つの分化発現circRNA（DEC）をリアルタイム定量PCRにより検証した。 PDGAでは、コントロールと比較して合計65DECが検出された。ほとんどのDECはm6A修飾を有しており、m6A修飾の変化の傾向は主にcircRNAの発現レベルと一致していた。 今回の研究により、DECとそのm6A修飾の変化を明らかにし、PDGAにおけるDECの潜在的な機能について新たな知見が得られる可能性があると考えられる。

To profile and characterize the circular RNA (circRNA) expression pattern in poorly differentiated gastric adenocarcinoma (PDGA). CircRNA expression profiles in PDGA and adjacent nontumor tissues were analyzed by microarray. Five randomly selected differentiated expressed circRNAs (DECs) were validated by real-time quantitative PCR. m6A qualification of the top 20 DECs was conducted by m6A-immunoprecipitation and real-time quantitative PCR. A total of 65 DECs were found in PDGA compared with the control. Hsa_circRNA_0077837 had the largest area under the curve. Most DECs had m6A modifications, the trend of m6A modification alteration was mainly consistent with the circRNA expression level. Our study revealed a set of DECs and their m6A modification alterations, which may provide new insight for their potential function in PDGA.