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2013年から2016年にかけてコロンビアで侵襲性髄膜炎球菌症患者から回収されたNeisseria meningitidis分離株の分子特性解析
Molecular characterization of Neisseria meningitidis isolates recovered from patients with invasive meningococcal disease in Colombia from 2013 to 2016.
PMID: 32663215 DOI: 10.1371/journal.pone.0234475.
抄録
背景:
髄膜炎球菌は世界中で罹患率と死亡率の重大な原因となっています。髄膜炎球菌分離株は非常にダイナミックな集団構造を有しており、表現型的にも遺伝的にもセログループやクローン複合体に分化することができる。本研究の目的は、2013年から2016年にかけてコロンビアで回収された侵襲性分離株の表現型および遺伝子型特性を記述することであった。
BACKGROUND: Neisseria meningitidis is a significant cause of morbidity and mortality worldwide. Meningococcal isolates have a highly dynamic population structure and can be phenotypically and genetically differentiated into serogroups and clonal complexes. The aim of this study was to describe the phenotypic and genotypic characteristics of invasive isolates recovered in Colombia from 2013 to 2016.
方法:
合計 193 個の侵襲性分離株を解析した。表現型および遺伝子型特性は、血清型、抗菌薬感受性試験、パルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）および全ゲノムシークエンシングにより決定した。
METHODOLOGY: A total of 193 invasive isolates were analyzed. Phenotypic and genotypic characteristics were determined by serotyping, antimicrobial susceptibility testing, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and whole-genome sequencing.
結果:
その結果、髄膜炎球菌のセログループC、B、Yがそれぞれ47.9％、41.7％、9.4％を占め、セログループBとCの分布は経時的に変化していた。PFGEとゲノムシークエンシングにより、15のクローン群と14のクローン複合体（cc）が同定された。主要なクローン群は、配列型(ST)-9493を持つセログループBとその4つの単座変異体であり、コロンビアから分離された分離株でのみ同定された。クローン集団構造から、本研究で分離された分離株は主に4つのクローン複合体に属していることが明らかになった。ST-11 cc、ST-32 cc、ST-35 cc、ST-41/44 ccである。また，38のpenA対立遺伝子が同定されたが，MICと特異的配列との間に相関は認められなかった．
RESULTS: Based on the results, meningococcal serogroups C, B and Y were responsible for 47.9%, 41.7%, and 9.4% of cases, respectively, and the distribution of serogroups B and C changed over time. Fifteen clonal groups and 14 clonal complexes (cc) were identified by PFGE and genome sequencing. The main clonal group included serogroup B isolates with sequence type (ST)-9493 and its four single-locus variants, which has only been identified in Colombian isolates. The clonal population structure demonstrates that the isolates in this study mainly belong to four clonal complexes: ST-11 cc, ST-32 cc, ST-35 cc and ST-41/44 cc. Thirty-eight penA alleles were identified, but no correlation between MICs and specific sequences was observed.
結論:
この研究では、コロンビアの侵襲性髄膜炎球菌症患者から分離された髄膜炎球菌のほとんどが、世界的に散布された高侵襲性クローンと関連した株であることが示されました。
CONCLUSION: This study shows that most meningococcal isolates recovered from patients with invasive meningococcal disease in Colombia are strains associated with distinct globally disseminated hyperinvasive clones.