コロンビアにおける犬および猫の分子生物学的多様性

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Heliyon.2020 Jul;6(7):e04381. S2405-8440(20)31225-1. doi: 10.1016/j.heliyon.2020.e04381.Epub 2020-07-07.

コロンビアにおける犬および猫の分子生物学的多様性

Molecular diversity of in dogs and cats in Colombia.

N F Santana-Clavijo
D P Reyes Romero
D F Arango Fajardo
A Velandia Muñoz
S A Taniwaki
S O de Souza Silva
P E Brandão

PMID: 32665984 PMCID: PMC7340079. DOI: 10.1016/j.heliyon.2020.e04381.

抄録

(亜属属 , ファミリー )は、伝達性胃腸炎ウイルス (TGEV)、ネココロナウイルス (FCoV) およびイヌコロナウイルス (CCoV) を包含し、重度の胃腸炎を引き起こす重要な病原体であり、世界的に分布しています。CCoVには2つの異なる遺伝子型があります。FCoV-Iとの同一性が高いCCoV型Iと、FCoV-IIに関連し、複数の組換えイベントに関与しているCCoV IIa（汎発性）とCCoV IIbの2つのサブタイプに分かれているCCoV II型です。2014年から2018年の間に、コロンビアのボゴタにある民間の動物病院で、出血性腸炎を発症した1歳未満の子犬と幼犬、および腹水または胸水を発症した2歳未満の猫5匹から43匹の糞便サンプルを収集した。RT-PCR（nsp12）およびPCR増幅（VP1）によるスクリーニングの結果、それぞれ27.1％（13/49）および72.9％（35/49）の陽性サンプルが見つかりました。コロナウイルスの陽性サンプルは、M、N、S、およびFCoV、CCoV-IおよびCCoV-IIbクラスターにグループ化された配列について検査され、パンテロ型(IIa)から遠ざかっていた。N遺伝子は2つのクラスターを形成し、1つはサブタイプIIの本研究のサンプルのみで、もう1つはサブタイプIの株で形成された。本研究で同定されたコロナウイルスの有病率は、世界各国で報告されている範囲内であった。

(subgenus genus , family ), which encompasses transmissible gastroenteritis virus (TGEV), feline coronavirus (FCoV) and canine coronavirus (CCoV), is an important pathogen that can cause severe gastroenteritis and is distributed worldwide. CCoV has two different genotypes: CCoV type I, which has a high identity with FCoV-I, and CCoV type II, which is divided into two subtypes, CCoV IIa (pantropic) and CCoV IIb, which is related to FCoV-II and has been involved in multiple recombination events. Between 2014 and 2018, 43 fecal samples from puppies and young dogs under 1 year of age with hemorrhagic enteritis and from 5 cats under 2 years of age with ascites or thoracic effusion were collected by a private veterinary practice in Bogotá, Colombia. A screening for via RT-PCR (nsp12) and PCR amplification of (VP1) revealed 27.1% (13/49) and 72.9% (35/49) positive samples, respectively. Positive samples for coronavirus were tested for M, N, S and the sequences grouped in the FCoV, CCoV-I and CCoV-IIb clusters that were distant from the pantropic type (IIa). The N gene formed two clusters, one exclusively with samples from this study in subtype II and another with strains in subtype I. For gene S (subtype I), the samples clustered with the Brazilian samples, while samples positive for S subtype IIb grouped into a cluster distinct from the other reference sequences. The prevalence of coronaviruses identified in this study is within the range reported by different countries worldwide.