樫の芽から分離された新規なメチロトロフィー菌であるsp

sp. nov., a novel methylotrophic bacterium isolated from oak buds.

• Nadezhda V Agafonova
• Elena N Kaparullina
• Denis S Grouzdev
• Nina V Doronina

抄録

イングリッシュオーク（L. Dub株）とノーザンレッドオーク（L. KrD株）の芽から好気性の制限された新規な顔面メチル栄養細菌を分離した。分離された菌はグラム陰性の吸胞性短桿菌であり，二本のフィソンで増殖した。グラム陰性の吸胞性短桿菌は、メタノール、メチルアミン、数種類のポリカーボネート化合物を炭素源とエネルギー源として利用していた。最適な増殖は25℃とpH7.5で起こった。支配的なリン脂質は、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルコリン、ジホスファチジルグリセロール、ホシャチジルグリセロールであった。また、細胞の主要な脂肪酸はＣω７、１１-メチルＣω７、Ｃであり、主要なユビキノンはＱ-１０であった。16S rRNA遺伝子配列を解析したところ、本菌株はS113(97.5-98.0"Zs_200A"%)、S1(97.4-97.6"Zs_200A"%)、PG04(97.0-97.2"Zs_200A"%)の属に近縁であることが判明した。また、Dub株とKrD株の16S rRNA遺伝子配列の類似度は99.7"Zs_200A"%であり、両株間のDNA-DNAハイブリダイゼーション（DDH）の結果は85"Zs_200A"%であった。また，Dub株とS113株のANIは80.1，DDHは21.5"Zs_200A""Zs_200A"%であった．株Dubのゲノム配列決定の結果、ゲノムサイズは3.57Mbp、G+C含量は67.0mol%であった。これらの表現型解析、化学結合解析、遺伝子型解析の結果から、本分離株はsp.nov.として、型株Dub（=VKM B-3284=CCUG 73648=JCM 33463）とともに属に分類されることが提案された。

Novel aerobic, restricted facultatively methylotrophic bacteria were isolated from buds of English oak ( L.; strain Dub) and northern red oak ( L.; strain KrD). The isolates were Gram-negative, asporogenous, motile short rods that multiplied by binary fisson. They utilized methanol, methylamine and a few polycarbon compounds as carbon and energy sources. Optimal growth occurred at 25 °C and pH 7.5. The dominant phospholipids were phosphatidylethanolamine, phosphatidylcholine, diphosphatidylglycerol and phoshatidylglycerol. The major cellular fatty acids of cells were C ω7, 11-methyl C ω7 and C. The major ubiquinone was Q-10. Analysis of 16S rRNA gene sequences showed that the strains were closely related to the members of the genus : S113(97.5-98.0 %), S1 (97.4-97.6 %) and PG04(97.0-97.2 %). The 16S rRNA gene sequence similarity between strains Dub and KrD was 99.7 %, and the DNA-DNA hybridization (DDH) result between the strains was 85 %. The ANI and the DDH values between strain Dub and S113 were 80.1 and 21.5  %, respectively. Genome sequencing of the strain Dub revealed a genome size of 3.57 Mbp and a G+C content of 67.0 mol%. Based on the results of the phenotypic, chemotaxonomic and genotypic analyses, it is proposed that the isolates be assigned to the genus as sp. nov. with the type strain Dub (=VKM B-3284=CCUG 73648=JCM 33463).