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大腸菌由来のリボソーム成熟化因子RbfAの背骨と側鎖のNMR割り当て
Backbone and sidechain NMR assignments for the ribosome maturation factor RbfA from Escherichia coli.
PMID: 32671633 DOI: 10.1007/s12104-020-09969-0.
抄録
RbfA（リボソーム結合因子A; 15.2kDa）は、リボソームの生合成に関与するタンパク質であり、低温での生育に重要であること、また、リボソームRNAの小30Sリボソームサブユニットの寒冷感受性変異（C23U）の抑制因子として作用することが示されています。単離されたRbfAの立体構造は、いくつかの生物から決定されており、RbfAは、別のアセンブリ因子EraのKHドメインに類似したタイプIIのKHドメインフォールドトポロジーを持っており、その過剰発現は、rbfAの欠失を補うことができ、rbfAノックアウト染色における寒冷感受性と17S rRNAの異常蓄積の両方を抑制することを示しています。興味深いことに、これまでのNMR研究で用いられてきたRbfAΔ25変異体は、室温での凝集の原因となる25個の非構造残基を除去するためにC末端ドメインを切断しており、野生型RbfAのノックアウトを補完するという意味で生物学的に活性であったが、16S寒冷感受性変異（C23U）の抑制因子としては作用せず、また30Sサブユニットと安定に相互作用しなかった。この研究を補完するために、我々は、生理的条件下（pH7.6）で測定された大腸菌からの全長RbfAのH, C, N背骨と側鎖NMR共鳴の割り当てを報告する。このコンストラクトは、クローニングからの7つの追加のC末端残基（すなわち、1つのアラニンとHRV 3C切断部位からの6つの残基）を含み、293Kで1週間にわたって凝集の問題は観察されませんでした。割り当てデータは、Accession No.27857の下でBMRBデータバンクに寄託されています。
RbfA (ribosome binding factor A; 15.2 kDa) is a protein involved in ribosome biogenesis and has been shown to be important for growth at low temperatures and to act as a suppressor for a cold-sensitive mutation (C23U) in the ribosomal RNA of the small 30S ribosomal subunit. The 3D structure of isolated RbfA has been determined from several organisms showing that RbfA has type-II KH-domain fold topology similar to the KH domain of another assembly factor, Era, whose overexpression can compensate for the deletion of rbfA, suppressing both the cold sensitivity and abnormal accumulation of 17S rRNA in rbfA knockout stains. Interestingly, a RbfAΔ25 variant used in previous NMR studies, truncated at the C-terminal domain to remove 25 unstructured residues causing aggregation at room temperature, was biologically active in the sense that it could complement a knock-out of wildtype RbfA, although it did not act as a suppressor for a 16S cold-sensitive mutation (C23U), nor did it interact stably with the 30S subunit. To complement this work, we report the H, C, and N backbone and sidechain NMR resonance assignments of full length RbfA from Escherichia coli measured under physiological conditions (pH 7.6). This construct contains seven additional C-terminal residues from the cloning (i.e. one alanine and six residues from the HRV 3C cleavage site) and no aggregation issues were observed over a 1-week period at 293 K. The assignment data has been deposited in the BMRB data bank under Accession No. 27857.