ウルグアイの牛から採取されたロタウイルスAの系統解析により、一般的な遺伝子型と非一般的な遺伝子型が循環していることが明らかになり、種間伝播が示唆された

Phylogenetic Analyses of Rotavirus A from Cattle in Uruguay Reveal the Circulation of Common and Uncommon Genotypes and Suggest Interspecies Transmission.

• Matías Castells
• Rubén Darío Caffarena
• María Laura Casaux
• Carlos Schild
• Samuel Miño
• Felipe Castells
• Daniel Castells
• Matías Victoria
• Franklin Riet-Correa
• Federico Giannitti
• Viviana Parreño
• Rodney Colina

抄録

ウルグアイは牛肉および乳製品の主要な輸出国の一つであり、牛の生産はこの国の主要な経済部門の一つである。ロタウイルスA（RVA）は、畜産業に大きな経済的損失をもたらす症候群である新生児子牛下痢症（NCD）に関連する主要な病原体である。本研究の目的は、RVA 感染の頻度を調べ、ウルグアイの子牛における RVA 株の遺伝的多様性を分析することである。乳牛および肉牛の子牛から採取した合計 833 サンプルを RT-qPCR およびシークエンシングにより解析した。RVA は 57.0%のサンプルから検出された。検出頻度は、乳牛（59.5%）の子牛の方が肉牛（28.4%）よりも有意に高かった（<0.001）が、NCD に対してワクチンを接種した牛群（64.0%）と接種していない牛群（66.7%）では有意な差はなかった。RVA の検出頻度とウイルス負荷は、下痢をした子牛（72.1%, 7.99 log genome copies/mL of feces）と非下痢をした子牛（59.9%, 7.35 log genome copies/mL of feces）で有意に高かった（それぞれ < 0.005, = 0.007）。観察されたG型（VP7）はG6（77.6％）、G10（20.7％）、G24（1.7％）であり、P型はP[5]（28.4％）、P[11]（70.7％）、P[33]（0.9％）であった。G型とP型の組み合わせは、G6P[11]（40.4％）、G6P[5]（38.6％）、G10P[11]（19.3％）、珍しい遺伝子型のG24P[33]（1.8％）であった。いくつかの株の特徴をより明確にするためにVP6およびNSP1-5の遺伝子型解析を行った．系統解析の結果，動物とヒトとの間の感染を含む種間感染が示唆された．

Uruguay is one of the main exporters of beef and dairy products, and cattle production is one of the main economic sectors in this country. Rotavirus A (RVA) is the main pathogen associated with neonatal calf diarrhea (NCD), a syndrome that leads to significant economic losses to the livestock industry. The aims of this study are to determine the frequency of RVA infections, and to analyze the genetic diversity of RVA strains in calves in Uruguay. A total of 833 samples from dairy and beef calves were analyzed through RT-qPCR and sequencing. RVA was detected in 57.0% of the samples. The frequency of detection was significantly higher in dairy (59.5%) than beef (28.4%) calves ( < 0.001), while it did not differ significantly among calves born in herds that were vaccinated (64.0%) or not vaccinated (66.7%) against NCD. The frequency of RVA detection and the viral load were significantly higher in samples from diarrheic (72.1%, 7.99 log genome copies/mL of feces) than non-diarrheic (59.9%, 7.35 log genome copies/mL of feces) calves ( < 0.005 and = 0.007, respectively). The observed G-types (VP7) were G6 (77.6%), G10 (20.7%), and G24 (1.7%), while the P-types were P[5] (28.4%), P[11] (70.7%), and P[33] (0.9%). The G-type and P-type combinations were G6P[11] (40.4%), G6P[5] (38.6%), G10P[11] (19.3%), and the uncommon genotype G24P[33] (1.8%). VP6 and NSP1-5 genotyping were performed to better characterize some strains. The phylogenetic analyses suggested interspecies transmission, including transmission between animals and humans.