日本語AIでPubMedを検索
オランダでの情報に基づく公衆衛生上の意思決定のための迅速なSARS-CoV-2全ゲノムシークエンシングと解析
Rapid SARS-CoV-2 whole-genome sequencing and analysis for informed public health decision-making in the Netherlands.
PMID: 32678356 DOI: 10.1038/s41591-020-0997-y.
抄録
2019年12月下旬、中国・武漢の市場に関連した原因不明の肺炎の集団症例が報告された。原因菌はSevere acute respiratory syndrom-related coronavirusという種として同定され、SARS-CoV-2と命名された（ref.4月16日までに、このウイルスは185カ国に広がり、200万人以上に感染し、13万人以上の死者を出しました。オランダでは、2月27日にSARS-CoV-2の最初の症例が通知された。発生は、イタリア、オーストリア、ドイツ、フランスからの複数の異なる導入事象から始まり、その後、オランダ南部、そしてその後、オランダ南部以外の地域でも局所的に増幅されました。ほぼリアルタイムの全ゲノム配列解析と疫学を組み合わせた結果、地域社会における SARS-CoV-2 感染の程度を信頼性の高い形で評価することができ、オランダにおける SARS-CoV-2 の局所的な感染を制御するための早期の意思決定が容易になった。これらのデータがどのように生成・解析されたか、また、SARS-CoV-2全ゲノム配列解析がどのように疫学データと組み合わせてオランダの公衆衛生の意思決定に利用されたかを示す。
In late December 2019, a cluster of cases of pneumonia of unknown etiology were reported linked to a market in Wuhan, China. The causative agent was identified as the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus and was named SARS-CoV-2 (ref. ). By 16 April the virus had spread to 185 different countries, infected over 2,000,000 people and resulted in over 130,000 deaths. In the Netherlands, the first case of SARS-CoV-2 was notified on 27 February. The outbreak started with several different introductory events from Italy, Austria, Germany and France followed by local amplification in, and later also outside, the south of the Netherlands. The combination of near to real-time whole-genome sequence analysis and epidemiology resulted in reliable assessments of the extent of SARS-CoV-2 transmission in the community, facilitating early decision-making to control local transmission of SARS-CoV-2 in the Netherlands. We demonstrate how these data were generated and analyzed, and how SARS-CoV-2 whole-genome sequencing, in combination with epidemiological data, was used to inform public health decision-making in the Netherlands.