BYASE: 遺伝子レベルとアイソフォームレベルの対立遺伝子特異的発現を推定するためのPythonライブラリ

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Bioinformatics.2020 Jul;btaa636. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa636.Epub 2020-07-17.

BYASE: 遺伝子レベルとアイソフォームレベルの対立遺伝子特異的発現を推定するためのPythonライブラリ

BYASE: A Python library for estimating gene and isoform level allele-specific expression.

Lili Dong
Jianan Wang
Guohua Wang

PMID: 32678892 DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa636.

抄録

サマリー:

アレル特異的発現(ASE)は多くの重要な生物学的メカニズムに関与している。遺伝子レベルとアイソフォームレベルの発現の違いを同時に報告できるベイズ推論に基づいて、シングルエンドおよびペアエンドRNA-seqデータからASEを同定するためのPythonパッケージBYASEとそのGUI(Graphical User Interface)ツールBYASE-GUIを紹介する。BYASEはフェーズドSNPと非フェーズドSNPの両方を使用しており、多形生物をサポートしています。

SUMMARY: Allele-specific expression (ASE) is involved in many important biological mechanisms. We present a python package BYASE and its GUI (Graphical User Interface) tool BYASE-GUI for the identification of ASE from single-end and paired-end RNA-seq data based on Bayesian inference, which can simultaneously report differences in gene-level and isoform-level expression. BYASE uses both phased SNPs and non-phased SNPs, and supports polyploid organisms.

利用可能性と実装:

BYASEとBYASE-GUIのソースコードは、https://github.com/ncjllld/byase、https://github.com/ncjllld/byase_gui で自由に入手できます。

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION: The source codes of BYASE and BYASE-GUI are freely available at https://github.com/ncjllld/byase and https://github.com/ncjllld/byase_gui.

補足情報:

補足データはBioinformatics onlineで入手可能です。

SUPPLEMENTARY INFORMATION: Supplementary data are available at Bioinformatics online.