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アフリカ先住民コホートにおけるエクソンORF15のデノボアセンブリーベース解析は、標準的な次世代シークエンシング（NGS）データ解析パイプラインの限界を克服する
De Novo Assembly-Based Analysis of Exon ORF15 in an Indigenous African Cohort Overcomes Limitations of a Standard Next-Generation Sequencing (NGS) Data Analysis Pipeline.
PMID: 32679846 DOI: 10.3390/genes11070800.
抄録
エクソンORF15変異体は、遺伝性網膜障害（IRD）、特に網膜色素変性症の最も頻繁な原因の一つである。この突然変異ホットスポットは配列の複雑性が低いため、インデルが発生しやすく、配列データの解析が困難な領域です。全ゲノムシークエンシングでは、一般的にこの領域を十分にカバーすることができません。そのため、ネガティブな結果だけでなく、偽陽性を避けるための補完的な手法が必要とされています。本研究では、次世代シークエンシング（NGS）を用いて、アフリカ系のIRDコホートの長距離PCRアンプリコンのシーケンスを行った。de novo アセンブリに基づく新しい二次解析パイプラインを開発することで、標準的な NGS 解析ツールで生成されたバリアントのミスコールを回避することができた。我々は、11人の患者（コホートの13％）で病原性のあるバリアントを同定したが、そのうちの2つはこれまでに報告されていないものであった。我々は、ORF15を標的としたNGSのために、偽陽性や陰性のバリアントコールが起こりにくい、新規で代替的なエンドツーエンドの二次解析パイプラインを提供している。
exon ORF15 variants are one of the most frequent causes for inherited retinal disorders (IRDs), in particular retinitis pigmentosa. The low sequence complexity of this mutation hotspot makes it prone to indels and challenging for sequence data analysis. Whole-exome sequencing generally fails to provide adequate coverage in this region. Therefore, complementary methods are needed to avoid false positives as well as negative results. In this study, next-generation sequencing (NGS) was used to sequence long-range PCR amplicons for an IRD cohort of African ancestry. By developing a novel secondary analysis pipeline based on de novo assembly, we were able to avoid the miscalling of variants generated by standard NGS analysis tools. We identified pathogenic variants in 11 patients (13% of the cohort), two of which have not been reported previously. We provide a novel and alternative end-to-end secondary analysis pipeline for targeted NGS of ORF15 that is less prone to false positive and negative variant calls.