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抽出されたDNAと核酸放出剤で処理されたサンプルを用いて、ヒトパピローマウイルス遺伝子型16および18を検出するための内部制御リコンビナーゼ支援増幅法（IC-RAA）アッセイ
Internally controlled recombinase-aided amplification (IC-RAA) assays for the detection of human papillomavirus genotypes 16 and 18 using extracted DNA and samples treated with nucleic acid releasing agent.
PMID: 32681408 DOI: 10.1007/s00705-020-04722-3.
抄録
子宮頸がんは高リスクのヒトパピローマウイルス（HPV）の持続感染が主な原因であり，症例の70％はHPV16および18感染と関連している．本研究の目的は、HPV16 および 18 の検出のための迅速、単純、かつ感度の高い内部制御リコンビナーゼ支援増幅（IC-RAA）アッセイを確立することであった。アッセイは39℃で実施し、30分以内に完了した。合計277個の子宮頸部剥離細胞の臨床サンプルを、抽出されたDNAおよび核酸放出剤で処理されたサンプルを用いたIC-RAAアッセイおよび市販のHPVリアルタイム蛍光PCRキットにより試験した。IC-RAAアッセイの分析感度は、組換えプラスミドを標的として使用した場合、HPV16および18の検出において10コピー/μLであることが判明した。また，内部コントロール（IC）プラスミドと18の最適濃度は，HPV16では1000copies/μL，HPV18では100copies/μLであった．HPV16については，抽出したDNAと核酸放出剤で処理した試料を用いたIC-RAA法の臨床感度はそれぞれ98.73％，97.47％であり，κ値はそれぞれ0.977（P<0.01），0.955（P<0.01）であり，特異度はいずれも100％であった．HPV18については、感度および特異性は100％であり、カッパ値はいずれの試料も1であった（P＜0.01）。IC-RAAアッセイは、HPV16およびHPV18の検出のための有望なツールであり、特に資源に制約のある環境下では、HPV16およびHPV18の検出のための有望なツールである。
Cervical cancer is primarily caused by persistent infection with high-risk human papillomavirus (HPV), and 70% of cases are associated with HPV16 and 18 infections. The objective of this study was to establish rapid, simple, and sensitive internally controlled recombinase-aided amplification (IC-RAA) assays for the detection of HPV16 and 18. The assays were performed at 39 ℃ and were completed within 30 min. A total of 277 clinical samples of exfoliated cervical cells were tested by IC-RAA assays and commercial HPV real-time fluorescent PCR kits using extracted DNA and samples treated with nucleic acid releasing agent. The analytical sensitivity of the IC-RAA assay was found to be 10 copies/μL for the detection of HPV16 and 18 when using recombinant plasmids as targets. The optimal concentration of the internal control (IC) plasmid and 18 was 1000 copies/μL for HPV16 and 100 copies/μL for HPV18. The clinical sensitivity of the IC-RAA assays for HPV16 using extracted DNA and samples treated with nucleic acid releasing agent was 98.73% and 97.47%, respectively, with kappa values of 0.977 (P < 0.01) and 0.955 (P < 0.01), respectively, and 100% The specificity in both cases. For HPV18, the sensitivity and specificity were 100%, and the kappa value was 1 for both samples (P < 0.01). The IC-RAA assay is a promising tool for the detection of HPV16 and HPV18, especially in resource-constrained settings.