RNA-DamID を用いた RNA-クロマチン相互作用の生体内マッピング

Mapping RNA-Chromatin Interactions In Vivo with RNA-DamID.

• Seth W Cheetham
• Andrea H Brand

抄録

ロングノンコーディングRNA（lncRNA）は、発生や疾患の制御因子として注目されています。しかし、RNA精製技術の感度が限られているため、細胞型特異的なlncRNAのゲノム標的を同定することはできませんでした。RNA-DamIDは、lncRNAが生体内で作用するメカニズムを理解するための強力な新しいアプローチである。RNA-DamIDは高感度かつ高精度であり、細胞を単離することなく細胞型特異的なクロマチン結合パターンを決定することができます。RNA-クロマチン相互作用の決定因子は、RNAとタンパク質補因子の変異体を解析することにより、RNA-DamIDを用いて同定することができる。ここでは、RNA-DamIDの実装方法と、生体内でのlncRNA-クロマチン相互作用を正確に同定するために考慮すべき設計上の注意点について説明する。

Long-noncoding RNAs (lncRNAs) are emerging as regulators of development and disease. lncRNAs are expressed in exquisitely precise expression patterns in vivo and many interact with chromatin to regulate gene expression. However, the limited sensitivity of RNA-purification techniques has precluded the identification of genomic targets of cell-type specific lncRNAs. RNA-DamID is a powerful new approach to understand the mechanisms by which lncRNAs act in vivo. RNA-DamID is highly sensitive and accurate, and can resolve cell-type-specific chromatin binding patterns without cell isolation. The determinants of RNA-chromatin interactions can be identified with RNA-DamID by analyzing RNA and protein cofactor mutants. Here we describe how to implement RNA-DamID and the design considerations to take into account to accurately identify lncRNA-chromatin interactions in vivo.