オートファジーと腫瘍のデータベース。オートファジーと腫瘍をつなぐ新しいデータベース、ATdb

Autophagy and Tumor Database: ATdb, a novel database connecting autophagy and tumor.

• Kelie Chen
• Dexin Yang
• Fan Zhao
• Shengchao Wang
• Yao Ye
• Wenjie Sun
• Haohua Lu
• Zhi Ruan
• Jinming Xu
• Tianru Wang
• Guang Lu
• Liming Wang
• Yu Shi
• Honghe Zhang
• Han Wu
• Weiguo Lu
• Han-Ming Shen
• Dajing Xia
• Yihua Wu

抄録

オートファジーは、多様な病態生理過程やヒトの様々な疾患、特に腫瘍に密接に関与している必須の細胞プロセスである。現在の研究では、オートファジーは腫瘍形成における抗癌作用だけでなく、進行・転移における癌化促進作用もあると考えられています。つまり、腫瘍におけるオートファジーの役割は複雑であり、議論の余地があり、文脈に依存していると考えられています。したがって、オートファジーと腫瘍との複雑な相関関係をより深く理解するためには、包括的なデータベースの構築が重要である。この目的を達成するために、我々はオートファジーと腫瘍の研究に関する公開情報を収集するために、オートファジーと腫瘍データベース(ATdb, http://www.bigzju.com/ATdb/#/)を開発した。ATdbは、25種類の腫瘍とオートファジー関連経路に必要な137の遺伝子を結びつけ、219の集団フィルタ、2650のハザード比トレンドプロット、658の相互作用マイクロRNA、266の相互作用ロングノンコーディングRNA、155の翻訳後修飾、298のDNAメチル化記録、331の動物モデルと70の臨床試験を含んでいる。ATdbは、ユーザーが検索、閲覧、ダウンロード、効率的なオンライン解析を行うことを可能にします。例えば、オートファジー遺伝子制御因子の予測を、文脈に依存した方法で、正確なサブポピュレーションや腫瘍サブタイプで行うことができる。また、ATdbでは、遺伝子関連のロングノンコーディングRNAに基づいて腫瘍を区別したグループにクラスタリングし、それらの潜在的な機能的意味合いについての新たな洞察を得ることが可能である。このように、ATdbはオートファジーと腫瘍の複雑な世界を探求するための強力なオンラインデータベースをオートファジーコミュニティに提供している。データベースURL: http://www.bigzju.com/ATdb/#/。

Autophagy is an essential cellular process that is closely implicated in diverse pathophysiological processes and a variety of human diseases, especially tumors. Autophagy is regarded as not only an anti-cancer process in tumorigenesis but also a pro-tumor process in progression and metastasis according to current research. It means the role of autophagy in tumor is considered to be complex, controversial and context dependent. Hence, a comprehensive database is of great significance to obtain an in-depth understanding of such complex correlations between autophagy and tumor. To achieve this objective, here we developed the Autophagy and Tumor Database (named as ATdb, http://www.bigzju.com/ATdb/#/) to compile the published information concerning autophagy and tumor research. ATdb connected 25 types of tumors with 137 genes required for autophagy-related pathways, containing 219 population filters, 2650 hazard ratio trend plots, 658 interacting microRNAs, 266 interacting long non-coding RNAs, 155 post-translational modifications, 298 DNA methylation records, 331 animal models and 70 clinical trials. ATdb could enable users to search, browse, download and carry out efficient online analysis. For instance, users can make prediction of autophagy gene regulators in a context-dependent manner and in a precise subpopulation and tumor subtypes. Also, it is feasible in ATdb to cluster tumors into distinguished groups based on the gene-related long non-coding RNAs to gain novel insights into their potential functional implications. Thus, ATdb offers a powerful online database for the autophagy community to explore the complex world of autophagy and tumor. Database URL: http://www.bigzju.com/ATdb/#/.

© The Author(s) 2020. Published by Oxford University Press.