複数の次世代シークエンシングプラットフォームを用いたMICA遺伝子のゲノム特性評価。バリデーション研究

Genomic characterization of MICA gene using multiple next generation sequencing platforms: A validation study.

• Yizhou Zou
• Jamie L Duke
• Deborah Ferriola
• Qizhi Luo
• Jenna Wasserman
• Timothy L Mosbruger
• Weiguang Luo
• Liang Cai
• Kevin Zou
• Nikolaos Tairis
• Georgios Damianos
• Ioanna Pagkrati
• Debra Kukuruga
• Yanping Huang
• Dimitri Monos

抄録

NGSによるMICA遺伝子のゲノム解析に関するプロトコルを開発した。アンプリコンは遺伝子の全長を含み、約13kbである。この研究には、合計156のサンプルが含まれていた。これらのサンプルのうち97個は、レガシー法（SangerまたはSSO）によりMICAで以前に特徴付けされており、アッセイの精度、精度、特異性、および感度を評価するために使用された。さらに、米国からの民族不明のボランティアの59のDNAサンプルは、NGSによるジェノタイピングのみを行った。サンプルは、多様な対立遺伝子のセットを含むように選択された。我々のNGSアプローチには、選択されたサンプルに対して、Illumina MiSeqプラットフォーム上での第1ラウンドの配列決定と、Oxford Nanopore Technology社のMinIONプラットフォーム上での第2ラウンドの配列決定が含まれており、新しい対立遺伝子の特徴を明らかにするか、複数の多型間で位相を設定して曖昧さを解消するか、またはIMGT/HLAデータベースで部分的にしか報告されていない対立遺伝子の完全な配列を生成することを目的とした。完全コンセンサス配列は、MICA遺伝子の5'UTRから3'UTRまで、オックスフォード・ナノポア技術を用いて配列決定されたすべての対立遺伝子について生成された。新規対立遺伝子または既に報告されている対立遺伝子のギャップ（エキソン、イントロン、および／またはUTR）を埋めるものを含む、３２のMICA配列がIMGT/HLAデータベースに提出された。これらのサンプルの特性化に関連する課題のいくつかが議論されています。この記事は著作権により保護されています。すべての権利を保有しています。

We have developed a protocol regarding the genomic characterization of the MICA gene by NGS. The amplicon includes the full length of the gene and is about 13 kb. A total of 156 samples were included in the study. Ninety-seven of these samples were previously characterized at MICA by legacy methods (Sanger or SSO) and were used to evaluate the accuracy, precision, specificity, and sensitivity of the assay. An additional 59 DNA samples of unknown ethnicity volunteers from the United States were only genotyped by NGS. Samples were chosen to contain a diverse set of alleles. Our NGS approach included a first round of sequencing on the Illumina MiSeq platform and a second round of sequencing on the MinION platform by Oxford Nanopore Technology, on selected samples for the purpose of either characterizing new alleles or setting phase among multiple polymorphisms to resolve ambiguities or generate complete sequence for alleles that were only partially reported in the IMGT/HLA database. Complete consensus sequences were generated for every allele sequenced with Oxford Nanopore Technology, extending from the 5' UTR to the 3' UTR of the MICA gene. Thirty two MICA sequences were submitted to the IMGT/HLA database including either new alleles or filling up the gaps (exonic, intronic and/or UTRs) of already reported alleles. Some of the challenges associated with the characterization of these samples are discussed. This article is protected by copyright. All rights reserved.

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