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ラテンアメリカの混血集団間の遺伝的発散の表現型的帰結。コロンビア、アンティオキアとチョコー
The phenotypic consequences of genetic divergence between admixed Latin American populations: Antioquia and Chocó, Colombia.
PMID: 32681795 DOI: 10.1093/gbe/evaa154.
抄録
ゲノムワイドな関連研究により、ヒトの様々な形質に関連する何千もの遺伝的変異が明らかになってきました。形質関連変異体が集団内および集団間でどのように分布しているかを知ることで、特に健康関連形質について、集団特有の表現型の違いの遺伝的基盤を明らかにすることができる。我々は、(i)個々の形質関連変異体と(ii)多遺伝的形質をコードするために一緒に機能する変異体の集合体について、コロンビアの人口動態プロファイルが異なる近隣の2つの集団間での遺伝的発散レベルを分析した。アンティオキア（メスティーゾ族）とチョコ（アフロコロンビア族）の間の多遺伝子形質をコードする変種の集合体である。遺伝的祖先分析では、アンティオキアではヨーロッパ系62％、アメリカ先住民32％、アフリカ系6％であったのに対し、チョコではアフリカ系76％、ヨーロッパ系10％、アメリカ先住民14％であり、人口統計学とこれまでの結果と一致している。祖先の違いは多遺伝子リスクスコア（PRS）の集団間比較を混乱させる可能性があるが、今回調査した2つの集団ではPRSの分布に系統的な偏りは見られず、集団特異的なPRSの差はほとんどの部分で小さく、0を中心に対称的に分布していた。個々の形質に関連するSNPにおける遺伝的差異と、アンティオキアとチョコーの間の集団特異的なPRSの差はいずれも、報告されている病気の有病率の違いとともに、集団間で容易に観察できる体格差を反映したものであった。遺伝的リスクの集団特異的差異が観察された形質（疾患）の有病率と一致しなかったケースは、感染性疾患と複雑で一般的な疾患の両方において、表現型の分散に対する環境の寄与が重要であることを示唆している。ここで報告された結果は、形質関連バリアントとPRS発散レベルを検索するためのウェブベースのプラットフォーム（http://map.chocogen.com）を介して配信されています。
Genome-wide association studies have uncovered thousands of genetic variants that are associated with a wide variety of human traits. Knowledge of how trait-associated variants are distributed within and between populations can provide insight into the genetic basis of group-specific phenotypic differences, particularly for health-related traits. We analyzed the genetic divergence levels for (i) individual trait-associated variants and (ii) collections of variants that function together to encode polygenic traits, between two neighboring populations in Colombia that have distinct demographic profiles: Antioquia (Mestizo) and Chocó (Afro-Colombian). Genetic ancestry analysis showed 62% European, 32% Native American, and 6% African ancestry for Antioquia compared to 76% African, 10% European, and 14% Native American ancestry for Chocó, consistent with demography and previous results. Ancestry differences can confound cross-population comparison of polygenic risk scores (PRS); however, we did not find any systematic bias in PRS distributions for the two populations studied here, and population-specific differences in PRS were, for the most part, small and symmetrically distributed around zero. Both genetic differentiation at individual trait-associated SNPs and population-specific PRS differences between Antioquia and Chocó largely reflected anthropometric phenotypic differences that can be readily observed between the populations along with reported disease prevalence differences. Cases where population-specific differences in genetic risk did not align with observed trait (disease) prevalence point to the importance of environmental contributions to phenotypic variance, for both infectious and complex, common disease. The results reported here are distributed via a web-based platform for searching trait-associated variants and PRS divergence levels at http://map.chocogen.com.
© The Author(s) 2020. Published by Oxford University Press on behalf of the Society for Molecular Biology and Evolution.