sp. nov.はC57BL/6Jマウスの糞便から分離した嫌気性細菌である

sp. nov., an anaerobic bacterium from the faeces of C57BL/6J mice.

• Sou Miyake
• Yichen Ding
• Melissa Soh
• Adrian Low
• Henning Seedorf

抄録

C57BL/6Jマウスの糞便からTLL-A4と名付けられた嫌気性細菌株を分離した。16S rRNA遺伝子を解析した結果、この菌株はBacteroidetes属に属し、より具体的には最近提案された（S24-7クラッドまたはHomeothermaceaeとしても知られている）菌株であることが示された。また、TLL-A4の16S rRNA遺伝子は、同属の唯一の種であるDSM 28989の型株と92.8"Zs_200A"%の配列同一性を有しており、TLL-A4の16S rRNA遺伝子は、DSM 28989の型株と92.8"Zs_200A"%の配列同一性を有していた。TLL-A4のゲノム配列解析を行い、両株間の平均アミノ酸同一性（AAI）値と保存タンパク質の割合（POCP）を比較した。その結果、TLL-A4株はDSM28989との同一性が高く（69.8"Zs_200A"%）、POCPは56"Zs_200A"%であった。これらの値から，TLL-A4株は本属に属するが，本種には属さないことが示唆された。キノン分析の結果、膜中の主要なキノンとしてMK10（63"Zs_200A"%）とMK11（32"Zs_200A"%）が検出されたが、MK9はマイナーな成分（5"Zs_200A"%）としてしか存在しなかった。主な細胞性脂肪酸はアンテイソ-C(42.8"Zs_200A"%)であり、合計特徴11(17.5"Zs_200A"%)、C iso(13.4"Zs_200A"%)、Cω9(5.6"Zs_200A"%)、C 3-OH(4.5"Zs_200A"%)、C(4.2"Zs_200A"%)が微量に検出された。API 32AおよびAPI 20Aキットを用いて酵素活性を分析したところ、TLL-A4株とDSM 28989株との間に大きな差異が認められた。TLL-A4株は、遺伝子型、系統、表現型の違いから、同属の新種と考えられ、sp. nov.と命名された。型は TLL-A4 (=DSM 108194=KCTC 15770) である。

An anaerobic bacterial strain, named TLL-A4, was isolated from fecal pellets of conventionally raised C57BL/6J mice. Analysis of the 16S rRNA gene indicated that the strain belongs to the phylum Bacteroidetes and, more specifically, to the recently proposed (also known as S24-7 clade or Homeothermaceae). Strain TLL-A4's 16S rRNA gene shared 92.8 % sequence identity with the type strain of the only published species of the genus , DSM 28989. Genome-sequencing of TLL-A4 was performed to compare average amino acid identity (AAI) value and percentage of conserved proteins (POCP) between both strains. The AAI analysis revealed that strain TLL-A4 had high identity (69.8 %) with DSM 28989, while the POCP was 56 %. These values indicate that strain TLL-A4 could be considered a member of the genus but not belonging to the species . Quinone analysis indicated MK10 (63 %) and MK11 (32 %) as major quinones in the membrane, while MK9 was only present as a minor component (5 %). The main cellular fatty acid was anteiso-C (42.8 %); summed feature 11 (17.5 %), C iso (13.4 %), C ω9 (5.6 %), C 3-OH (4.5 %) and C (4.2 %) were detected in minor amounts. Analysis of enzyme activities using the API 32A and API 20A kits indicated major differences between strain TLL-A4 and DSM 28989. Based on genotypic, phylogenetic and phenotypic differences, strain TLL-A4 is considered to represent a novel species of the genus , for which the name sp. nov. is proposed. The type strain is TLL-A4 (=DSM 108194=KCTC 15770).