オランダの歯科ユニット水の16S rDNA配列決定とメタデータ

16S rDNA sequencing and metadata of Dutch dental unit water.

抄録

歯科診療所に対して、歯科ユニット内のバイオフィルム増殖を制御するために使用されている感染制御プロトコルに関するアンケートへの回答と、2種類の水サンプルの送付を依頼した。歯科ユニットのサンプリングは、週末に実施されたバイオフィルム消毒プロトコルの影響が残存するのを避けるため、感染制御対策を実施する前と2日目に実施する必要があった。ユニットのサンプリング方法については指示があった。アンケートに記入し、2日以内に普通郵便で返送されたサンプルのみが分析された。サンプルは従属栄養プレートカウント、16S（V4）rDNAマイクロバイオーム配列決定、q-PCRで細菌16S rDNA、真菌18S rDNA、属菌の濃度、アメーバの存在について処理された。ファイルにはマイクロバイオームデータの解釈と解析に必要なメタデータが含まれています。このデータセットは、他の科学者、感染制御ユニットのメンバー、バイオインフォマティシャン（研修生）、政策立案者などが利用することができる。このデータセットは、歯科ユニットの微生物生態系に影響を及ぼす可能性のある、未解明のさらなるパラメーターへの手がかりを提供することができる。

Dental practices were approached to fill out a questionnaire on the infection control protocols in use to control biofilm growth in the dental unit and to send two types of water sample. Sampling of the dental units had to be performed prior to any infection control measures and on the second day of operation, to avoid residual effects of biofilm disinfection protocols performed in the weekend. Instructions were given on how to sample the units. Only samples, accompanied with a completed questionnaire and returned within two days by regular mail, were analysed. Samples were processed for heterotrophic plate counts, 16S (V4) rDNA microbiome sequencing and q-PCR for the concentration of bacterial 16S rDNA, fungal 18S rDNA, spp. and the presence of amoeba. The files contain the metadata needed to interpret and analyse the microbiome data. This dataset can be used by other scientists, members of infection control units, (trainee) bioinformaticians and policy makers. This dataset can provide leads to further unexplored parameters which could influence the microbial ecology of the dental unit.