毒素Aに対する細胞応答の評価：ネットワーク解析

Evaluation of cellular response to toxin-A: a network analysis.

抄録

エイム:

本研究では、ネットワーク解析により、toxin-Aが標的とする重要な遺伝子を明らかにすることを目的とした。

AIM: The current study aimed to determine crucial genes targeted by toxin-A through network analysis.

背景:

() は毒素Aと毒素Bを産生し、特に広域抗生物質療法後の病院感染の危険因子として知られています。バイオインフォマティクスの知見により、大腸上皮のトキシンBが標的とする遺伝子と生物学用語のセットが紹介されている。

BACKGROUND: () produces toxin-A and toxin-B and is known as a risk factor for hospital infection, especially after broad spectrum antibiotic therapy. Bioinformatics findings have led to the introduction of a set of genes and biological terms that are targeted by toxin-B in colon epithelia.

METHODS:

遺伝子発現オムニバス（GEO）から、毒素Aで処理したヒト腸管Caco-2細胞とコントロールの有意な差分発現遺伝子（DEGs）を検索した。STRINGデータベースとCytoscapeソフトウェアv.3.7.2を用いて、タンパク質-タンパク質相互作用（PPI）ネットワーク解析により、検索されたDEGを解析した。

METHODS: The significant differentially expressed genes (DEGs) of human intestinal Caco-2 cells treated by toxin-A versus control were retrieved from gene expression omnibus (GEO). The queried DEGs were analyzed using by protein-protein interaction (PPI) network analysis through STRING database and Cytoscape software v.3.7.2.

結果:

157個の有意なDEGのうち、JUN、VEGFA、CDKN1A、ATF3、SNAI1、DUSP1、HSPB1、MCL1、KLF4、FOSL1、HSPA1A、SQSTM1はハブとして、JUN、DUSP1、DUSP5、EZR、MAP1LC3B、SQSTM1はボトレック（障害）として強調されています。

RESULTS: Among 157 significant DEGs, JUN, VEGFA, CDKN1A, ATF3, SNAI1, DUSP1, HSPB1, MCL1, KLF4, FOSL1, HSPA1A, and SQSTM1 were determined as hubs and JUN, DUSP1, DUSP5, EZR, MAP1LC3B, and SQSTM1 were highlighted as bottlenecks.

結論:

JUN、DUSP1、SQSTM1は、感染症を予防・治療するための創薬ターゲットとなる可能性があります。

CONCLUSION: JUN, DUSP1, and SQSTM1 are possible drug targets to prevent and treat infection.