トランスクリプトーム解析により、CYP27A1が肺腺癌の予後と免疫の診断マーカーであることが明らかになった

Transcriptomic analysis identifies CYP27A1 as a diagnostic marker for the prognosis and immunity in lung adenocarcinoma.

抄録

背景:

脂質代謝異常と発癌との関連はよく知られているが、脂質代謝関連遺伝子（LRG）と肺腺癌（LUAD）との関連についての研究は限られている。本研究の目的は、予後のバイオマーカーとなりうるLRGを同定し、LUADにおける免疫細胞浸潤への影響を評価することである。

BACKGROUND: The association between lipid metabolism disorder and carcinogenesis is well-established, but there is limited research on the connection between lipid metabolism-related genes (LRGs) and lung adenocarcinoma (LUAD). The objective of our research was to identify LRGs as the potential biomarkers for prognosis and assess their impact on immune cell infiltration in LUAD.

方法:

バイオインフォマティクス解析により、LUAD患者の予後を決定する新規LRGを同定した。CYP27A1の発現レベルは、TCGA、UALCAN、TIMERなどの様々なデータベースを用いて系統的に評価した。その後、LinkedOmicsを利用してCYP27A1の共発現ネットワークとGSEAを実施した。ssGSEAは免疫細胞の浸潤とCYP27A1の発現との関連を評価するために実施した。CYP27A1の発現レベルはqRT-PCR解析により検証した。

METHODS: We identified novel prognostic LRGs for LUAD patients via the bioinformatics analysis. CYP27A1 expression level was systematically evaluated via various databases, such as TCGA, UALCAN, and TIMER. Subsequently, LinkedOmics was utilized to perform the CYP27A1 co-expression network and GSEA. ssGSEA was conducted to assess the association between infiltration of immune cells and CYP27A1 expression. CYP27A1's expression level was validated by qRT-PCR analysis.

結果:

LUADにおいてCYP27A1の発現が低下していた。CYP27A1の発現低下はLUADの予後不良と関連していた。単変量解析および多変量解析により、CYP27A1はLUAD患者の独立した予後バイオマーカーであることが示された。GSEAの結果、CYP27A1の発現と免疫関連経路との間に正の相関が認められた。さらに、CYP27A1の発現は、ほとんどの免疫細胞の浸潤レベルと正の相関を示した。

RESULTS: CYP27A1 expression was decreased in LUAD. Reduced CYP27A1 expression was linked to unfavorable prognosis in LUAD. Univariate and multivariate analyses indicated that CYP27A1 was an independent prognostic biomarker for LUAD patients. GSEA results revealed a positive correlation between CYP27A1 expression and immune-related pathways. Furthermore, CYP27A1 expression was positively correlated with the infiltration levels of most immune cells.

結論:

CYP27A1はLUAD患者の潜在的なバイオマーカーであり、我々の知見はLUAD患者の予後マーカーを開発するための新たな視点を提供した。

CONCLUSION: CYP27A1 is a potential biomarker for LUAD patients, and our findings provided a novel perspective to develop the prognostic marker for LUAD patients.