口腔扁平上皮がん患者の診断マーカーとしての唾液中のホットスポット変異

Hotspot Mutations in Saliva as a Diagnostic Marker in Oral Squamous Cell Carcinoma Patients.

抄録

背景/目的:

本研究の目的は、口腔扁平上皮癌（OSCC）で一般的なPIK3CA変異を、腫瘍と唾液のマッチング検体で類似検出することである。

BACKGROUND/AIM: This study aimed at the analogous detection of PIK3CA mutations, common in oral squamous cell carcinoma (OSCC), in matched tumor and saliva samples.

患者および方法:

原発性OSCCと診断された患者29人から組織および唾液サンプルを得た。唾液検体は術前に採取し、組織検体は腫瘍切除時に採取した。組織検体と唾液検体の両方から腫瘍DNAを抽出した。すべてのサンプルはDNA量と質を管理され、サンプルペアの遺伝的マッチングはiPlex Pro Exome QC Panelを用いて確認された。変異検出は、質量分析ベースの検出システムである MassARRAY システムを用いて行った。組織腫瘍DNAの変異解析は、PIK3CAの20のホットスポット変異をカバーするマルチプレックスClearSEEK™ PIK3CA v1.0パネルを用いて行われた。唾液サンプルでは、ClearSEEK™とUltraSEEK Lung v1.1パネルの両方を用いて変異型が解析され、検出限界はより高かったが、カバーするPIK3CA変異型はより少なかった。

PATIENTS AND METHODS: Tissue and saliva samples were obtained from 29 patients diagnosed with primary OSCC. Saliva samples were obtained preoperatively; tissue specimens were acquired during tumor resection. Tumor DNA was extracted from both tissue and saliva samples. All samples were controlled for DNA quantity and quality and genetic matching of sample pairs was confirmed using the iPlex Pro Exome QC Panel. Variant detection was performed using the MassARRAY System, a mass-spectrometry based detection system. Mutational analysis in tissue tumor DNA was made using the multiplexed ClearSEEK™ PIK3CA v1.0 Panel covering 20 hotspot mutations in PIK3CA. In saliva samples, variants were analyzed using both the ClearSEEK™ and the UltraSEEK Lung v1.1 Panel, with a higher limit of detection but covering less PIK3CA variants.

結果:

全体として、ClearSEEK™では腫瘍組織29検体中7検体（24%）でPIK3CAバリアントが検出された。UltraSEEKでは、この7検体中4検体でバリアントが確認された。UltraSEEKで検出されなかった3つのバリアントのうち、2つはパネルに含まれず、1つは含まれたが検出されなかった。組織で検出された7つのバリアントのうち、5つはClearSEEK™またはUltraSEEK Conclusionを利用することで、適合する唾液サンプルでも検出されました（71%）：OSCCにおけるPIK3CAホットスポット変異の検出と唾液中での同時発生は、OSCC患者の非侵襲的がん検出とフォローアップケアにおけるリキッドバイオプシーの潜在的有用性を強調するものである。

RESULTS: Overall, a PIK3CA variant was found in seven of the 29 tumor tissue samples (24%) by ClearSEEK™; UltraSEEK additionally confirmed the variant in four of these seven positive samples. Of the three variants not detected by UltraSEEK, two were not included in the panel and one was included but not detected. Of the seven variants found in tissue, five could also be detected in the matching saliva samples (71%), either by utilizing ClearSEEK™ or UltraSEEK Conclusion: The detection of PIK3CA hotspot mutations in OSCC and their simultaneous occurrence in saliva underline the potential benefit of liquid biopsies for non-invasive cancer detection and follow-up care of OSCC patients.