属の2つの新しい仲間：sp. nov.とsp. nov

Two new members of the genus : sp. nov. and sp. nov.

抄録

dk4302、dk4209、xlx-73およびxlx-183と命名された4菌株が、中国青海チベット高原および江西省で採集されたチベットガゼルおよびアカザリガニから分離された。これらの菌株はグラム染色陰性、好気性、棒状、非運動性、粘液性、黄色色素性であった。dk4302株とdk4209株は10〜40℃、pH6.0〜9.0で生育し、xlx-73/xlx-183株は15〜40℃、pH6.0〜10.0で生育した。両菌株とも3.5 % (w/v) NaCl存在下で増殖した。16S rRNA遺伝子の塩基配列と652個のコア遺伝子に基づく系統学的解析の結果、4株は属内で2つの異なるクラスターを形成していた。dk4302株およびdk4209株はXH4株およびD1株と別個のクレードを形成していた。xlx-73およびxlx-183に最も近縁な株はM-SX103であった。DNAのG+C含量は38.9 mol%と39.8 mol%であった。dk4302とD1およびXH4との間のデジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション（dDDH）値は、それぞれ19.2％と21.8％（dk4209株は19.0％と21.6％）であった。対応する平均ヌクレオチド同一性（ANI）値はそれぞれ74.3および78.1 %（dk4209株では74.4および78.3 %）であった。xlx-73（xlx-183）とM-SX103間のdDDH値は24.6 %（25.7 %）であった。対応するANI値は85.7 %（xlx-183株は85.5 %）であった。dk4302株とxlx-73株の主な脂肪酸と呼吸キノンはiso-CとMK7であった。すべての新規株で同定された極性脂質は、ホスファチジルエタノールアミン、ホスホグリコリピド、アミノリン脂質、リン脂質であった。dk4302株とxlx-73株は、それぞれ61/190 (32.1 %)と82/190 (43.2 %)の炭素基質をBiolog MicroPlatesで代謝した。この多相的な分類学的研究の結果に基づいて、この属の2つの新種、すなわちsp. nov. (タイプ株dk4302=CGMCC 1.16795=JCM 33600)とsp. nov. (タイプ株xlx-73=GDMCC 1.1712=JCM 33886)が提案された。

Four strains, designated dk4302, dk4209, xlx-73, and xlx-183, were isolated from Tibetan gazelle and red swamp crawfish collected from the Qinghai-Tibet Plateau and Jiangxi Province, PR China. The strains were Gram-stain-negative, aerobic, rod-shaped, non-motile, mucoid, and yellow-pigmented. Strains dk4302 and dk4209 grew at 10-40 °C and pH 6.0-9.0, while strains xlx-73/xlx-183 grew at 15-40 °C and pH 6.0-10.0. Both strains exhibited growth in the presence of up to 3.5 % (w/v) NaCl. Phylogenetic and phylogenomic analyses based on the 16S rRNA gene sequences and 652 core genes, respectively, revealed that the four strains formed two distinct clusters in the genus . Strains dk4302 and dk4209 formed a distinct clade with XH4 and D1. The most closely related strains to xlx-73 and xlx-183 were M-SX103. The DNA G+C contents were 38.9 and 39.8 mol%. The digital DNA-DNA hybridization (dDDH) values between dk4302 and D1 and XH4 were 19.2 and 21.8 % (19.0 and 21.6 % for strain dk4209), respectively. The corresponding average nucleotide identity (ANI) values were 74.3 and 78.1 % (74.4 and 78.3 % for strain dk4209), respectively. The dDDH values between xlx-73 (xlx-183) and M-SX103 was 24.6 % (25.7 %). The corresponding ANI value was 85.7 % (85.5 % for strain xlx-183). The major fatty acid and respiratory quinone of dk4302 and xlx-73 were iso-C and MK7. The polar lipids identified in all of the novel strains were phosphatidylethanolamine, phosphoglycolipids, aminophospholipids, and phospholipids. A total of 61/190 (32.1 %) and 82/190 (43.2 %) carbon substrates were metabolized by strains dk4302 and xlx-73 in the Biolog MicroPlates, respectively. Based on the results from this polyphasic taxonomic study, two novel species in the genus are proposed, namely sp. nov. (type strain dk4302=CGMCC 1.16795=JCM 33600) and sp. nov. (type strain xlx-73=GDMCC 1.1712=JCM 33886).