症例報告：全エクソーム塩基配列決定により、発達遅滞児の遺伝子に複合ヘテロ接合体変異が同定された

Case Report: Whole exome sequencing identifies compound heterozygous variants in the gene in a child with developmental delay.

抄録

背景:

5歳未満の小児の発達遅滞は、世界的に10％～15％の発生率でみられ、遺伝、出生前の状態、周産期合併症、出生後の影響、社会的要因、栄養欠乏など複数の要因によって引き起こされる。などの遺伝子変異は、タンパク質の変形や核因子κB（NF-κB）活性のダウンレギュレーションに重要な役割を果たしている。

BACKGROUND: Developmental delay in children under 5 years old, which occurs globally with an incidence of 10%-15%, is caused by multiple factors including genetics, prenatal conditions, perinatal complications, postnatal influences, social factors, and nutritional deficiencies. Gene variants such as , and play a significant role in protein deformation and downregulation of nuclear factor κB (NF-κB) activity.

方法:

3歳の女児は、粗大運動能力、個人的・社会的発達、聴覚言語、手と目の協応、視覚の発達が不十分で、全体的な発達遅滞と診断された。彼女の病態の遺伝的病因を同定するためにトリオ全エクソーム配列決定が行われた。同定された遺伝的病因は、サンガー配列決定と定量的ポリメラーゼ連鎖反応（qPCR）によって検証された。

METHODS: A 3-year-old girl, who exhibits poor gross motor skills, personal-social development, auditory language, hand-eye coordination, and visual performance, was diagnosed with global developmental delay. Trio whole exome sequencing was conducted to identify the genetic etiology of her condition. The identified genetic etiology was then validated through Sanger sequencing and quantitative polymerase chain reaction (qPCR).

結果:

遺伝子解析の結果、患者は遺伝子に複合ヘテロ接合体変異を有していた。これらには、罹患していない父親から受け継いだc.1928delフレームシフト変異と、罹患していない母親から受け継いだエクソン12の欠失が含まれる。米国医遺伝学会（ACMG）のガイドラインによると、これらの変異体は「発症の可能性が高い」と分類された。

RESULTS: Genetic analysis revealed that the patient had compound heterozygous variants in the gene. These include a c.1928del frameshift variant inherited from the unaffected father and a deletion in exon 12 inherited from the unaffected mother. According to the American College of Medical Genetics (ACMG) guidelines, these variants were classified as "likely pathogenic".

結論:

本研究により、複合ヘテロ接合遺伝子変異が中国人女児の発達遅滞の原因であることが明らかになった。これらの変異体は、ACMG基準に従って有意な病原性を有すると分類され、劣性遺伝パターンを示唆し、将来の子孫に対する出生前検査の重要性を強調している。さらに、我々の発見は、この遺伝子の遺伝子型スペクトルを拡大し、発達遅滞を経験している子供に対する遺伝カウンセリングに関して、より包括的な情報を提供するものである。

CONCLUSION: The study revealed that compound heterozygous gene variants cause developmental delay in a Chinese girl. These variants have been classified as having significant pathogenic effect according to the ACMG criteria, suggesting a recessive genetic pattern and highlighting the importance of prenatal testing for future offspring. Furthermore, our findings expand the genotype spectrum of the gene, and provide more comprehensive information regarding genetic counseling for children experiencing developmental delay.